ישנן שתי סיבות לפגיעה באטימות של משאבות רב-שלביות: נזק לאדם ונזקי טבע. רכיבי האיטום של משאבות רב-שלביות עלולים להינזק משריטות, בליטות ומעיכה במהלך הפתיחה והסגירה. נזק מכני בין שני משטחי האיטום. תחת פעולה של טמפרטורה ולחץ גבוהים, אטומים עוברים חדירות הדדית ודליפה, וכתוצאה מכך הידבקות. כאשר שני משטחי האיטום נעים אחד כלפי השני, אזור ההדבקה מתפרק בקלות. ככל שהחספוס של משטח האיטום של משאבה רב-שלבית גבוהה יותר, כך קל יותר להתרחש תופעה זו.
בלאי, שטיפה וקוויטציה של משטח האיטום של המשאבה הרב-שלבית במהלך פעילות מדיה. החלקיקים העדינים הצפים בתווך מתנגשים במשטח האיטום ופוגעים בו, וגורמים לנזק מקומי. המדיום הנע במהירות גבוהה שוטף ישירות את משטח האיטום, וגורם לנזק מקומי. כאשר המדיום מתערבב ומתאדה באופן מקומי, בועות גז מתפוצצות ופוגעות על פני משטח האיטום, וגורמות לנזק מקומי. שחיקת המדיום, בשילוב פעולה מתחלפת של שחיקה כימית, תביא לשחיקה חזקה של משטח האיטום.
עקב גורמים כמו מגע הדדי בין משטחי איטום, מגע בין משטחי איטום לגוף האיטום וגוף השסתום, כמו גם הבדלים בריכוז בינוני ובריכוז החמצן, עלולים להיווצר הבדלי פוטנציאל, וכתוצאה מכך קורוזיה אלקטרוכימית ושחיקה של משטח האיטום על צד האנודה. עם זאת, ללא יצירת זרם, המדיום הסמוך למשטח האיטום מגיב ישירות עם משטח האיטום, יוצר שחיקה כימית ושחיקת משטח האיטום.
איכות העיבוד הירודה של משטח האיטום מעידה בעיקר על פגמים כמו סדקים, נקבוביות ותכלילים על משטח האיטום. עקב בחירה לא נכונה של מפרטי ריתוך וטיפול בחום, כמו גם שליטה לקויה במהלך תהליך הריתוך והטיפול בחום, קשיות משטח האיטום גבוהה מדי או נמוכה מדי. הקשיות הלא אחידה ועמידותם בפני קורוזיה של משטח האיטום הנגרמים כתוצאה מבחירת חומר שגויה או טיפול בחום לא תקין, נגרמות בעיקר על ידי ניפוח המתכת הבסיסית עליו במהלך תהליך הריתוך, מה שמדלל את הרכב הסגסוגת של משטח האיטום.